У Војној гимназији се одувек посебна пажња посвећује физичкој спремности ученика, па у складу са тим, поред редовне наставе из физичке културе, организован је и рад великог броја спортских секција.

Спортске секције имају за циљ побољшање физичке спремности ученика кроз програме и активности који су ученицима привлачни, откривање и развијање талената код ученика као и подизање свести о здравом животу и стварање навике бављења спортом и одржавања високог нивоа физичке спремности током целог живота, што је за будуће кадете Војне академије и официре Војске Србије од велике важности.
 

Рад секција организован је радним данима и викендом, а секцијама руководе искусни професори физичке културе као и старешине из састава Војне академије. Ученицима је на располагању модеран и велики спортски центар за салама за гимнастику и борилачке вештине, салом за одбојку и кошарку, великом салом за мали фудбал и кошарку (са трибинама) и пратећим просторијама. Од спољашњих терена у интернату Војне гимназије налазе се велики фудбалски терен са атлетском стазом и трибинама, рукометни терен са трибинама, кошаркашки терени и полигон пешадијских препрека. Такође, у интернату Војне гимназије налази се и модерно опремљена стрељана. Спортским секцијама Војне гимназије су, по потреби, на располагању и капацитети Војне академије.

Секције које су на располагању ученицима Војне гимназије су следеће:

• Кошаркашка секција,
• Фудбалска секција,
• Секција малог фудбала,
• Одбојкашка секција,
• Атлетска секција,
• Гимнастичка секција,
• Веслачка секција,
• Оријентиринг секција,
• Стрељачка секција,
• Џудо секција.